勞動部組織下設有6個業務單位、6個輔助單位、5個三級機關（構）及6個四級機關（構）。
業務單位為綜合規劃司、勞動關係司、勞動保險司、勞動福祉退休司、勞動條件及就業平等司、勞動法務司。
輔助單位為秘書處、人事處、政風處、會計處、資訊處、統計處。
三級機關（構）為勞工保險局、勞動力發展署、勞動基金運用局、職業安全衛生署、勞動及職業安全衛生研究所。
四級機關（構）為勞動力發展署北基宜花金馬分署、勞動力發展署桃竹苗分署、勞動力發展署中彰投分署、勞動力發展署雲嘉南分署、勞動力發展署高屏澎東分署、勞動力發展署技能檢定中心。